（一）對建筑企業稅負產生的影響
在建筑企業營業稅改征增值稅后，最先涉及到的是進項稅額的抵扣問題。舉例說明：
以建筑施工企業為例，假設其工程毛利率10%，工程結算成本中，原材料約占55%（建筑材料成本中水泥約占45%，鋼鐵約占40%，其他材料約占15%），人工成本約占30%，機械使用費5%，其他費用占比不超過10%，假設其全年完成營業收入為11100萬元，營業成本9990萬元（營業收入和成本均含增值稅）。
營改增前，應繳納營業稅為333萬元（11100×3%）。
營改增后，人工成本不能抵扣進項稅額，因此能夠抵扣進項稅額為870萬元[9990×（55%+5%）÷（1+17%）×17%]銷項稅額為1100萬元[11100÷（1+11%）×11%]，應繳納增值稅為230萬元（1100-870），建筑施工企業的稅負有所下降。
以上是理論上的算法，但實際上建筑施工企業的特征會給增值稅的計算帶來很多挑戰，如，建筑材料來源方式較多，增值稅進項稅額抵扣難度大，由于發票管理難度大，很多材料進項稅額無法正常抵扣，使建筑業實際稅負加大。根據《財政部、國家稅務總局關于部分貨物適用增值稅低稅率和簡易辦法征收增值稅政策的通知》（財稅〔2009〕9號）規定，一般納稅人銷售自產的下列貨物，可選擇按照簡易辦法依照3%征收率（注：根據2014年6月13日《財政部國家稅務總局關于簡并增值稅征收率政策的通知》（財稅[2014]57號），自2014年7月1日起執行3%征收率，原征收率6%不再適用）計算繳納增值稅：①建筑用和生產建筑材料所用的砂、土、石料；②以自己采掘的砂、土、石料或其他礦物連續生產的磚、瓦、石灰（不含黏土實心磚、瓦）；③自來水；④商品混凝土（僅限于以水泥為原料生產的水泥混凝土）。以上所列貨物，都是工程項目的主要材料，在工程造價中所占比重較大。假設施工企業購入以上材料都能取得正規增值稅發票，可抵扣的進項稅率為3%，而建筑業增值稅銷項稅率為11%，施工企業購入的以上材料必將增加8%的納稅成本，從而加大建筑業實際稅負，擠占利潤空間。
由于企業購進的機械設備可以抵扣增值稅進項稅額，有利于企業提高機械設備裝備水平，建筑施工企業通過引進新的機械設備，減少作業人員的人工費用，為企業更新設備，擴大運營規模提供了有力條件，同時機械作業水平的提高能夠減少施工重大事故的發生，促進安全生產，保證作業人員生命安全。
（二）對造價管理及核算的影響
一是建設單位招標概預算編制將發生重大變化，相應的設計概算和施工圖預算編制也應按新標準執行，對外發布的公開招標書內容也要有相應的調整。
二是這種變化使建筑企業投標工作變得復雜化。如，投標書的編制中有關原材料、燃料等直接成本不包含增值稅進項稅額，實際施工中，編制標書中很難準確預測有多少成本費用能夠取得增值稅進項稅額。
三是由于要執行新的定額標準，企業施工預算需要重新進行修改，企業的內部定額也要重新進行編制。
（三）對經營形式的影響
營業稅改增值稅有利于遏制非法轉包、分包現象。有些企業在承包工程后將全部工程轉包他人，這是建筑法所明確禁止的，在工程全部轉包的情況下，作為第一承包人的建筑企業（從發包方承接工程的單位）應按從發包方取得的全部工程結算收入和價外費用計算確定銷售額和銷項稅額，從第二承包人（從第一承包人處承接工程的單位）取得增值稅專用發票作為其進項稅額，從其賬務處理中能夠發現沒有可供抵扣的外購材料，從而很容易判斷出工程全部轉包的交易實質。建筑法第二十九條規定”禁止總承包單位將工程分包給不具備相應資質條件的單位”，如果分包單位是小規模納稅人或包工頭，抵扣進項稅額將大幅降低，企業稅負將上升，利潤也隨之減少。一旦稅務機關確認為非法轉包或非法分包，就會禁止第一承包人抵扣進項稅額，此時第一承包人的稅負將大大增加，利潤將大大縮水，對于利潤空間本來不大的建筑施工企業經營成果產生較大沖擊，這將對非法轉包行為起到一定遏制作用。
另外一種常見形式是掛靠，目前許多掛靠單位購買材料不要發票，材料采購價格較低。稅改后若不開具增值稅專用發票，被掛靠單位就不能獲得抵扣收益，稅負就會提高，如果開具增值稅專用發票，必須有真實的交易，材料供應商往往會趁機加價，掛靠單位利潤將大幅減少，這將嚴重打擊掛靠行為。
對于聯營項目，由于營業稅與成本費用基本沒有關系，以工程總造價為計稅依據計征營業稅，不存在稅款抵扣問題，聯營合作方往往沒有健全的會計核算體系，沒有索取發票的意識。實行增值稅后，增值稅與工程造價、成本費用密不可分。如果聯營合作項目在采購、租賃、分包等環節不能取得足夠多的增值稅專用發票，那么增值稅進項稅額就很小，可抵扣的稅款較少，繳納的稅款較多，稅負甚至超過項目的利潤率，總包方和聯營合作方都將無利可取，涉稅風險會威脅到聯營合作項目管理模式的生存和發展。
（四）對企業管理的影響
施工企業施工項目分散在全國各地，材料采購的地域也相應分散，材料管理部門多而雜，每筆采購業務都要按照現有增值稅發票管理模式開具增值稅發票，且數量巨大，發票的收集、審核、整理等工作難度大、時間長。按現行制度規定，進項稅額要在180天內認證完畢，其工作難度非常大。現實中的稅務問題并不如理論分析的簡單，如拿到對方開來的發票，應注意是否為專用發票，發票上的時間，發票章是否正確等。這些無疑對施工企業財務人員，乃至經營部門工作人員等提出了更高的要求。另外，營業稅與增值稅的納稅地點不同，建筑施工企業由于其經營特點，納稅地點也會產生較大變化。
（五）對財務會計的影響
由于建筑施工企業購置的原材料、輔助材料等存貨成本和機械設備等固定資產需要按取得的增值稅發票扣除進項稅額，這樣，企業的資產總額將比沒有營改增前有一定幅度下降，引起資產負債率上升。
對于企業的財務報表，營改增之前，主營業務收入是含有營業稅的，屬于含稅收入額，營改增之后，主營業務收入不包含增值稅，屬于稅后收入額，由于兩種不同的計算方法，企業的利潤率數值也不同，假定企業在實行營業稅與增值稅的營業收入與實際稅負相等，營改增后會出現企業營業收入減少而利潤率升高的現象。
對企業現金流量的影響。由于建筑施工企業普遍實行的是代扣代繳營業稅方式，建設單位驗工計價時，采取從驗工計價和付款中直接代扣營業稅，營改增后，建設單位將不能直接代扣代繳增值稅，而直接由建筑施工企業在當期向稅務機關繳納增值稅，但此時建設單位驗工計價并不立即支付工程款給建筑施工企業，也即繳納增值稅在前，收取工程款在后，有時滯后時間比較長，這將導致企業的經營性活動現金凈流量增加，加大企業資金緊張程度。